在中世纪，西欧漫长的岁月中，并没有一个作为行使全民意志的统一的主权组织的国家，依靠以教廷为核心的组织，维系了一个统一的基督教世界。而13世纪，在与德意志神圣罗马帝国长期争夺之后，教权最终取得了对皇权的胜利。此时的罗马天主教，不但是一种精神信仰，更是一种经济上拥有大量教产，政治上有大量可动员群众的强大实体。
以基督为核心的精神信仰，落实到操作层面上，成为垄断了信仰的教会对于世俗信徒的权力。教会设定自己的法典，教皇权力高于世俗统治者的权力，国家无权审判神职人员，所有想得到拯救的人必须服从教皇，世俗统治者要接受教皇的审判，而教皇只接受上帝的审判。
而在经济层面上，教会诸权力中，最重要的一点是，教产免于国家税收的权力。正是这一点，在欧洲诸王国陆续兴起之后，引发教会和王权之间的多次冲突。1而也正是关于赋税权力的争议，在多次战争之后，诸封建领主和国王才达成 大宪章 的契约，成为日后英国宪法的精神源泉。如果对照于其他动辄以均田地为口号，谋家天下之私的革命社会，达成尊重契约的妥协和平，未尝不是苍生之福。而在一个知识的普及尚未教会民众和统治者达成妥协欲望，而力量缺乏制衡以形成议价可能的社会，意味着一种弱肉强食式掠夺的税收，其最终的可能结果，便是一乱一始的革命循环。
就基督教正统教义而言，税收和权力是两回事。尽管在基督教已经发展壮大得足以和世俗权力抗衡的日子里，基督教义可以直接宣称：一切权柄属于上帝，恺撒也是上帝的用人。耶稣基督不属世界，世界却属于耶稣基督。
地和其中所充满的，世界和住在其间的，都属耶和华。
但是，就税收问题而言，基督的直接教诲却是
让神之物归神，恺撒之物归恺撒。
从一种事后的角度看，这个答案，可能是面对神和税收问题这个陷阱时，一种可能有效缓解早期基督教和世俗官方组织正面冲突的权宜之计。但连基督本身都未必预料到的是，日后，当基督教会确实发展成为代替官方收取税收的组织时，这种回答会成为另外一种阻碍。这和某个一不小心，通过暴乱取前朝而代之的政党一样，昔日对于前朝的诸种批判和承诺，成为日后李敖借以讽刺后世子孙的言辞。
但不同的是，对于基督教会来说，《新约》、《福音》延续千载，和中国传统社会中的儒学一样，文化浸润于每一信徒心中。凝结组织的力量中，经典文本的作用，远大于没有历史传统，而倚赖于创始者不着边际的言辞发挥而构成的新兴组织。于是，教会对于世俗事务的插手，在组织内部，面临正统教义的拥护者的反对，日后路德将教会看成信徒的团体，而不赞同教廷担当地主，收税人的角色，不信任教廷对于教会的专制权力。其反对教廷组织的依据，也正是来源于其神学理论。
就十三世纪到十七世纪的社会演变而言，社会表现为三种不同力量的不断变化：宗教、王国、平民。教会内部有着许多争议，一是正统神学理论设计和现有教会组织实况之间不同的冲突。一是教廷和教会的冲突，即是教皇至上，还是教会至上的冲突，独裁还是集合委员会的冲突。而最重要的是，十五世纪，印刷术的使用，使知识普及成本的下降，这一点对于新教的传播，尤为重要，对于教会内部来说，无论关于组织形态的任何争辩，对以拉丁文形式保存的《圣经》的解释权仍然牢牢掌握在教士手中。但是，印刷术的普及，使民众得以以更低廉的成本，阅读重新翻译为自身民族语言的《圣经》。在这一时期，可以看到此时有大量非拉丁文而是民族语言的《圣经》被翻译出现。这使人们意识到现有教会及原则与基督原始理想之差距之后而更加突出。而路德和加尔文教义，带来的结果，便是信仰的个人化和整个教会对于民众在信仰上控制力的下降，最终是教会的分散及对世俗控制力的下降，以及教会和国家这种双重王国的诞生。
16世纪，欧洲民族国家兴起，君王成为和教廷对抗的力量，罗马法和亚里士多德的政治学说，被重新诠释、解读，成为君主王国对抗教会、获得世俗权力的依据。欧洲国家，在摆脱教会约束的过程中，逐步成长，以专制主义和军事荣誉的概念成形，而演变出现代基于个体意志而构成的联合体。管理社会的权力，从教会手中，历史性地转移到了世俗文官政府的手中，但是，正如同特洛尔奇在《基督教和现代世界》中所指出，现代国家体现了一种世俗化的价值伦理准则，为了共同的生活，而主张共同的意志和荣誉，却放弃了对于一个超验的普世价值的追求，或者说，放弃了对精神世界的干预。而对于民众来说，因信称义 的结果，便是将自我救赎的重任，从过去的教会手中，转移到每一个个人的肩上，面临纷纭林立的教会、教派和教义，民众被迫要在这些纷争中，寻找出值得确信、可以安身立命的价值和信仰，这为倚赖自然常识的兴起，提供了一个空间和需求，从长远上说，这是科学最终取代基督教，成为另外一种信仰的终极原因。
同时，16和17世纪，欧洲的社会环境发生了巨大的变化，军事革命、欧洲人的航海、新世界的发现，带来的除了空间的拓展，太阳底下，突然出现了大量新的事物，传统所开列的清单开列不足，这相应也迫切的需要新的知识来加以解释，而物质的丰富则有可能资助科学研究的进一步进行，眼界和物质的拓展，带来对知识极限的拓展，这一切，成为科学兴起的契机。2
就十七世纪的科学、技术关系而言，这两者同时受到社会动态变量的影响。如果将科学看成观念的领域，而将技术看成过程的领域的话，那么，可以看到，事实上，直到工业革命，技术和工艺的发展，一直还保留一种纯粹经验主义的状态。而诸多对于后世影响深远的技术革新，事实上，在这一时期，从科学得益甚微，反而是科学从技术的进步中得益甚多。甚至直到19世纪末，重要的工业革新，很少来源自对于科学有贡献的人、机构或者群体。
从事后的角度上说，追源溯流，这一时期，在理论上，确实发生了许多对后世影响深远的发现和创新，比如伽利略、牛顿、哥白尼等人在天文、物理方面的成就。以至于后世直将这种变化，称之为 科学革命。但事实上，如同 Shapin 在 The Scientific Revolution 中所指出的，非但不存在一种所谓的 科学革命，甚至连后世所以为的 科学 概念中所指的整体，在这一时期，是否存在，都是一个非常可疑的事情。而 科学革命，只不过是对于后人的一种 科学革命，而对于17世纪的人来说，情况远非如此。
在17世纪，科学 Science 倾向于指任何正确构成的知识（必然的、普遍的真理的知识体系），而对自然界任何事物所存在的探讨和对自然界因果结构的探究，则属于 自然志 和 自然哲学。在十七世纪之前，构成必然正确的，普遍的知识体系，在西欧，只有基督教真理，而除此之外，都是异端。而自然界，按照《圣经》的说明，只是作为上帝的造物存在。那么，如果说，有一场科学革命的话，关键的问题，便是要说明，原先必然正确的基督教真理，是如何经由对于自然的探讨以及实验精神而被改变，转化成为对科学的新信仰。但事实上，这么一种信仰转变，并不如 革命 这种词语所宣扬的如此彻底的变化，而这么一种词语，也并不能显示更为真实的情形。因为伽利略、笛卡儿、玻意耳的生活和思想，并不是17世纪意大利人、法国人、英国人的普遍想法。创新的思想，其对社会的影响，往往发生于后代，而其流变的根源，则可追溯到以前。
文艺复兴和宗教改革各种文化都享有共同的背景和充分重叠的广泛兴趣，而宗教改革关于创造的教义，使人们能够把自然秩序按照其本身作为上帝的创造来对待，而不是作为形而上学的材料。尽管最后对于基督教世界观提出挑战的，不是科学，而是基于科学的发现形成的世界观和哲学，或者说，取宗教而代之的基于科学的形而上学。
就自然哲学的思想流变而言，其前身是自然神学。从罗马的瓦罗 M. Terentius Varro 开始，诗歌神学、公民神学和自然神学这三个词语就被提出并区分，自然神学指的是对于神性的哲学思考。但是，对于基督教思想影响最大的关于自然的概念，是奥古斯丁的 自然之书 的比喻，上帝写了两本书，以让人们理解他的意图，一是被文本化的《圣经》，一是自然之书。
经过亚里士多德化的神学，并不鼓励人们去探索自然的奥秘。人工世界和自然世界被严格区分。自然因其受造于上帝，而被赋予其神性，从而与受造于人之人工之物严格区分。人类只能去追寻属于自我创造的人工之物的奥秘，而不应该妄自尊大去追寻上帝的造物的意义。甚至，自然的物质，被赋予感觉，被赋予意识，从而保持其相应的神秘。
但是，当16世纪新教鼓励人们自己去追寻《圣经》这一文本对于自我的意义时，相类似而被隐含的，关于自然的探索，也被相应个体化的鼓励。当面对十七世纪中错综复杂的各种教义的纷争时，传统关于自然的观念，也相应被怀疑甚至反思。于是，被教父，被教会，被经院哲学学者等添加到《圣经》的部分，基于 自然之书 的验证，可以被确证并剔除，从而真正得到上帝造物的真正意图这种思想，被鼓励并被追寻，这促进了关于自然的常识思考。可以这么说，教会内部的纷争，促进了向自然常识方面寻求证据和力量的追求：依靠自然而非依靠人们的证词，以事物而非以言论而作为知识的源泉，相信你自己的眼睛和理性为证据，更相信别人所告诉你的，这成为后来经验主义的思想来源。而经验真理，则构成从逻辑和因果上，证明世界因果结构的前提。
这种经验实证精神，进一步被基督教内化成为 设计论，自然由于其高度的复杂性和契合性，被看成一个由高度智商设计者所设计出来的机器，比如时钟，其中的部件，相互契合，高度默契合作，而人类身处其中，则可以通过观察其奥秘而理解上帝的造物意图。而作为钟表匠的上帝，是上紧了发条之后，完成了 第一推动 的作用之后，便抽身而去，抑视默默的存在于每个人心中，关注着世界的运作，便成了另一个聚讼不休的话题。
很有趣的是，这种设计论的观点，推动了相当部分虔诚的教徒对于自然的研究，而日后，达尔文，在完成《物种起源》到出版《人类的由来》之前，他写了一部非常晦涩的著作，书名是《论英国和外国的兰花借助于昆虫传粉的种种技巧，并兼论杂交的优良作用》（1862），如同 Gould 所指出的，达尔文详细而不厌其烦的考察了自花传粉的兰花通过昆虫完成异花传粉的各种策略。而在达尔文的考察中，兰花利用了和其他的花一样的普通的通道，却发展出非常复杂的装置，来完成其他花朵轻而易举的行为。如果上帝的造物必然是完美的话，那么，造物关于兰花的设计，不是一个理想的工程师基于效率和完美而成的产品，正是从这一角度，达尔文完成了对设计论的攻击，而发展出进化论。
但在科学的开始，对于物理学、天文学和数学等学科来说，自然的奥秘，和对上帝的信仰相辅相成，从而，在宗教的分歧中，科学得以伪装成价值中立的面貌出现并得到发展。