讲述给当代人有关在十七世纪所发生的科学革命的故事时，常包括伽利略、波意耳、笛卡儿和牛顿等人的传奇。科学的兴起，常被追溯到这些作为先驱的伟大的人物身上。但事实上，对于十七世纪的人来说，当时压倒性的多数并不生活在欧洲，更不知道他们生活在后人眼中的 17世纪，也同样没有意识到，有一场所谓的科学革命正在发生。科学运动，如果有的话，并不是一个整体，而是高度支离破碎的零散运动，也并没有对公众发生任何关键性的影响。科学对于大多数民众要发生实质性的影响，必须等到19世纪以后才能体现，而在17世纪，从一种事后的角度来看，最关键之处，不在于一场科学革命是否发生，而在于，17世纪，科学 确确实实成为一种有形组织，而此后科学的发展，正是倚赖于17世纪这些有形组织订立的规则和制度之上来运作并发展的。
培根的理论，或多或少推动了科学组织的成立。他在《工具论》和《大西洋岛》中对于科学可能发展提供了一种构思。而其忧患，则是因应于独一的宗教权威对于知识的控制崩溃后的无秩序的担心。在此前基督教传统的制度体系尚未受到现实挑战时，其知识权威的地位同样有效。但是，当基督教体系内部面临新教的挑战，外部王权的力量逐渐增大时，其知识权威的地位也相应受到挑战。当大学作为一种抱残守缺的保守机构，继续传授传统的智力思辨的技巧时，大航海带来的大量知识和事物，使传统知识体系和结构中显得解释力不足时，对于知识的渴求，便变得明显起来，这导致长期确立的关于知识的发展制度模式开始消解。
传统上，教会掌管了对个人的信仰监察的权力。而个人对于真理的自行理解常被认为是危险的。当新教改革运动放松了教会对于信仰的统一的管制之后，知识上，可能也会出现无秩序的状态，这种状态，不止出现在平民百姓中，也出现在新兴的绅士阶级中。培根的知识纲领，便是因应于这种无秩序的担心而起，他认为国家必须担负起这个责任来领导民众对于知识的追求。在《大西洋岛》（1627）中，他描述了一个中央科学研究所，其中有实验室、植物园、厨房、熔炉，机械工厂。培根宣称，科学可以通过知识的分工生产而更有效的进行，正是在这部著作中，培根富有洞察力的意识到了分工的作用，这比日后亚当斯密提出分工对于生产作用还要更早。
但是培根所理解的这种分工，乃是在国家监控及管制之下的。看起来更象一种计划经济。当培根宣称 知识就是权力 时，他实际上并不是在为知识的可能生产力而欢呼雀跃，而是在担心不受国家监控的知识，会导致一种国家权威的丧失，而提出国家行政权力必须对知识实施有效的控制。正是这种知识纲领，使培根的《大西洋岛》充分体现出一种设计的痕迹。尽管从日后的实际结果上看，科学组织的兴起及其内部的章程制度，乃是一种自生自发的发展，而培根的理论没有得到推广，但却正是培根的理论广泛影响，使得宫廷和民众，广泛的接受了科学团体的存在。
在十七世纪，并没有出现象培根所鼓吹的一样集中起来的科学运动，团体的形成明显处于支离破碎状态，并且是以各自独立分散的团体的面貌出现。团体的成员，从一开始，充满各种各样的业余爱好者，比如身份显赫的赞助者，为科学的新发现不断添油加醋的报道者，艺术品鉴赏者，好奇的人，以及出于各种各样原因，比如厌恶于刻板沉闷的学院学习的逃避者。17世纪，看起来更象一个俱乐部和学会的时代。正是这些松散的业余爱好者，重现了希腊自由组织的学院精神。也正是这些自发起来的团体，在不需要国家指令的规训下，自发的订立了发展知识的可能制度。
在这些松散的团体中，相对正式的团体包括佛罗伦萨的西门托学院、伦敦的皇家学会、巴黎的皇家科学院、德国的柏林学院。其中，只有巴黎皇家科学院看起来更接近于培根的理论，和中央政府紧密的结合在一起，而伦敦皇家学会，却除了一纸特许状之外，几乎没有从皇家得到任何实质性的支持。但是，真正对后世发生深远影响的，正是英国皇家学会。
英国皇家学会的起源和历史，显示了17世纪科学和技术的可能关系。Tomas Sprat 的《皇家学会史》记载了这段历史在得到国王的特许状之前，一些非正式社团的人士从1645年开始每周聚集在伦敦，讨论一些关于自然的问题，为避免不必要的可能纠纷，这些成员约定将神学和政治排除在外。随着其成员的迁徙，这个社团一分为二，一在牛津，一在伦敦。在牛津的团体在一度兴旺之后，最终消散，而在伦敦的团体，却兴旺发达。当1662年7月15日，在得到国王的特许状之后，学会终于成立，而竖年，学会的特权又蒙获扩大。尽管学会并没有得到皇家其他的实质性赞助，但这种正式承认和特权许可本身，在纷争混乱的时代本身，便意味着一种承认和保护，尽管这种保护可能不是针对科学研究的保护，而是出于对其绅士成员成分的尊重。
尽管皇家学会是由先前人们对于科学的兴趣促成，但其后来的成就，却对科学的进一步发展起了明显的推动作用，而正是由于这种作用，后来科学的发展，仍深深的带着这个学会先前设定的各种制度和规则的烙印。
如同罗伯特默顿在《十七世纪英格兰的科学、技术、社会》中所指出，皇家学会的核心小组成员主要是神职人员或者与宗教密切相关人士的情况，同时，开始时候的学会成员，也很多是绅士。默顿指出这种身份地位与日后制度发展之间的可能联系。学会中的许多人员，具有新教的倾向，这使得他们更倾向于追求现世功业，接触实际事物，而反对经院哲学的抽象思维。正是这种倾向，推动了对现实的重新观察和实验精神。
皇家学会明确宣布它的目的在于鼓励有创造性的和有知识的商人、哲学家和医生，组织编著商业史，讨论革新工艺过程的方式，收集国内各个地区的农业实践资料。可以这么说，基于对 自然之书 所重新发见的兴趣，皇家学会的早期成员，对一切新奇的自然现象普遍感到好奇。但正是这种广泛的好奇，使他们把研究的网撒得太广，以致于失去了长期集中研究某一问题的好处。尽管他们努力把科学兴趣的目标，引向工艺生产，并试图使科学研究产生出可能的现实成果，但看起来，与他们试图在一到二个世界内，用知识重新改变整个物质世界的野心相反，在此后的两个世纪，技术并没有从科学中得到任何收益，反而是科学在技术中受惠良多，而皇家学会的努力，主要是激起了公众的热情和促进了共同体的发展，而不是技术以及实际的物质成果的明显产生。
在此前的基督教体系中，关于自然的知识，包括亚里士多德和托勒密的知识体系，是和基督教的信仰一旦演化的。而任何一种对于这些知识体系的反驳，都可能意味着一种对于基督教信仰传统的攻击。从一开始，这个科学共同体就致力于避免讨论传统的神学和政治问题，以获得一种价值中立的地位。17世纪，根本不存在一场所谓宗教和科学的冲突。反而，或多或少的，自然知识被鼓吹成为可以支持和扩展广泛的宗教目标，这与其成员中充满大量虔诚的清教徒不无关系。
对于这些虔诚的清教徒来说，当《圣经》的文本被直接翻译成为各自的民族语言，为民众所阅读，而因信称义使信仰成为一种个体的事情之后所带来的纷争，并没有办法在《圣经》教义中得到解决。要澄清并剔除那些把持了《圣经》文本解释权千百年之久的人们，在《圣经》中所加入的那些杂质部分，有必要借助于 自然之书 的力量。
按照《圣经》中的训导，世界乃是神所创生，这意味着自然乃是神的真正造物。人们运用神给予的能力，来观察，理解这个造物，理解自然之书，被看成一个宗教任务。而对于这个理论的最广泛的辩护，便是作为自然神学基础的设计论的出现。这个理论，从17世纪到19世纪，将科学的价值和宗教紧密的联系在一起。
这个理论的最广泛使用的隐喻，是时钟隐喻。早期的时钟，将所有的运转机制完全暴露在外，因此，关于指针运动的原理及其运动轨迹被清晰的见到并理解。在16世纪以后，时钟的运动逐渐被包裹进一个密闭的看不见的箱体中，只剩下时间为人所目见。尽管自然的时日有起有落，但机械时间的运作，却不在意外部的人事和气候变化，而自成世界。时钟隐喻的最重要作用是，时钟是一种人工造物，本身并无生命，但却模仿了某种目的性，而具备高度的复杂性，同时，它也提供了一种规则性和统一性的典范。对于时钟的这种隐喻的理解，很自然的导向对于自然的机械论理解，这种理解的作用在于，褪去了自然界中物质和人一样具备感受这种传统神学的观点，而导向了将自然作为纯粹物质进行研究的做法。
随着对自然物质的研究的深入及对其复杂性的发现，自然以其高度完美性震撼了其可能的发现者，这导致了一种自然的结果：自然的设计者，如果有的话，其智慧，必然远非任何人类所能及。而这种智慧，正充分的彰显了神的力量。正是这种设计论论证的自然神学，使科学研究的价值和关于神的力量和信仰被融合无间。这种观点，进一步导致了创世者是为时钟上紧发条之后，便任其默默运转，还是时不时参与到世界中来这种争议。但是无论如何，这种科学和宗教调和的结果，便是使对于自然研究的实验精神，不再受到宗教的阻挠。而没有被意识到的是，日后的达尔文进化论，正是反对这种自然设计的机械论而起。