从文艺复兴以后，科学的思想传统，常常被追溯到古希腊，比如亚里士多德之前。但事实上，科学、技术得以被积累及发展的漫长岁月中，占据主流地位的是基督教的思想传统，以及与这一思想传统相纠缠的封建式庄园经济。而希腊的思想遗产和医学，除了柏拉图和亚里士多德一脉以理性主义的形式和基督神学相纠缠之外，在基督教占据统治地位的岁月里，是保存在阿拉伯人手中，而后才又重新流回西欧。
在《奥古斯丁之前的基督神学》一节中，已论述了早期的基督教徒，如何通过不断重新解释教义，迁就希腊哲学而向皇帝献媚。而在基督教义获得统治地位之后，夹杂其间的希腊哲学带来的理性诘问，却被视为教义的一大致命威胁而欲除之而后快。相反，当9世纪阿拉伯崛起而极需理论支持时，希腊所已经进行的各种政治尝试和精密的哲学思辨，却助益于刚崛起而极缺乏精致理论支持的文明。和类似于刚刚发现马克思教义的中国小农一样，希腊的传统文明便被不加选择的大量的翻译并保存在阿拉伯文化之中，但却得不到详细的解读和辨识。而罗马帝国之后的欧洲，试图了解希腊文明的话，便需要 群趋东邻受国史 了。
奥古斯丁目睹了罗马城经历的战乱，由是划出上帝之城，和世俗之城。认为末日即将来临，身处即将走向上帝之城的黑暗时代。很不幸的是，文艺复兴之后，这个词语再次被人文主义者使用，并和中世纪这个词语联系起来，成为 中世纪黑暗时代，以指最起码从401公元410年开始，到16世纪文艺复兴之前的那些日子。
出来混的，早晚要还的。基督教对于希腊哲学的所为，报应于人文主义上手中，一旦人文主义者获得了话语权，便将16世纪之前，那些由基督教管制的日子，贴上黑暗时代的标签，从此获得一种掘墓鞭尸式的胜利。通过这种标签，人文主义者便获得了一种自我标榜的与时具进的 先进性，从此与过往的时代决裂，新纪元也从此开始。
此时，本来应该起来反驳的基督教徒，却忙于教会内部的分裂，即是路德的宗教改革，而无法与人文主义者抗衡。从传统教宗分裂出来的新教和路德宗，将那些过往由天主教管制的历史，也添油加醋的加上黑暗的事迹。这一词语，再度被强化使用。此后，十七与十八世纪启蒙运动中，充分带着愤青性质的让•雅各•卢梭 Jean-Jacques Rousseau，挥舞着长剑，向教会的风车作战。中世纪的日子，便由于与后世教会的联系，再次获得黑暗的现象。很不幸的是，卢梭的教义，被发挥成为罗伯斯庇尔的法国大革命，再伴随这种暴力主义，通过日本而间接传入五四运动前后那革命的中国，而那种对中世纪标签式的描述，对于一知半解的中国人来说，便若隐若现的成为一种先天的话语。
与卢梭教义一同输入的中国，还有通过日本传入的科学主义。而这时，科学已经独立成为一种主义了。在科学主义的描述中，教会的中世纪，常与宗教裁判所一起，成为黑暗的代名词。比如，伽利略的囚禁，哥白尼的恐惧，和布鲁诺的火刑，科学主义的历史所追认的先驱，以被教会残杀和凌辱，欺压的面貌出现，再次意味着科学主义和教会之间的决裂和势不两立。但如果相对于后世极权国家对待思想异端的满清十大酷刑，或者李敖想参观的监狱来说，教会的刑罚，对于人类肉体的折磨，远缺乏中国人的想像力，也没有想像中那么可怕。
看起来，只有通过这种杀父式的决裂，人文主义者，启蒙运动者，科学主义者，甚至新教徒，才能获得一种精神上的独立，或者为自己别有企图的目的，掩盖上道德上的合法外衣。却忘记了，所有一切的思想渊源和言述的方式，跟以往的世代，均有着千丝万缕的联系，不正视过往的历史，便无法完成对于自己的反思。
在城市文明兴起之后，科学主义出现之前，数千年间，地球上曾经生存过如此多的人类，有多少人，曾经在暴风雨之后，抬头仰望过天空的星星，获得内心的安宁，又有多少悲欢离合的故事，曾经发生，这一切，岂能用 黑暗的中世纪，或者 万恶的旧社会 一言以蔽之？相反，以意识形态的分歧而分裂成为敌对的人群，甚至需要通过各种造反，革命，运动来消灭可能敌对者的肉体以捍卫红太阳的光辉者，比之城市文明兴起以来，以征服城市而完成意识形态上的胜利者，又更进一步。能够说，谁更黑暗呢？
在科学主义的论述中，科学和宗教的地位关系，一直被指称为 科学是宗教的婢女，事实上，这只不过是后来的科学主义者自抬身价罢了。当基督教获得国教地位之后不久，欧洲帝国的分裂，伴随着君王在政治上对于各王国，庄园影响力的薄弱，同时，市场经济的萎缩和封建庄园形态经济的兴起。基督教成为王国式微时候的支撑力量，和分裂国土的精神上的黏合剂，而教会，则通过知识的传播，而成为教育上主要的支柱和传统。经过历次公会修订，确认的《圣经》，除了具备权威文本的性质之外，也成为一种对民众启蒙的工具。同时，从长远上看，教会则是教育的主要资助者，尽管这种启蒙和资助，其背后另有传播信仰的目的。是宁啃社会主义的草，不要资本主义的苗，还是成为立着贞操牌坊的节妇好？这是一个价值判断问题。但无论价值判断如何，事实上是，在教会和王国并存的相当长日子里，教会确实资助了教育，而这时，科学 这个名词，和后来科学所指的一系列制度，并不存在。
基督教并没有发明学园。希腊的学园更为后世所传诵，而罗马，那种不鼓励沉思的气氛，并没有将纯思辨的学园制进一步发展。而此后，交换的萎缩和市场的崩溃，带来的严重影响，使城市解体成为乡村，伴随城市解体的是学校的消失，直到11世纪之前漫长的日子里，基督教的修道院式教育，充当了平民教育和微弱古典传统的传播者角色。很难说，如果没有基督教所起的延续作用，欧洲的文明，会不会和那些早已烟消云散的文明一样，成为日后后世发掘和考古的对象。
城市与教育的关系密切相关，教育，如果按照加里贝克尔的观点，是一种长时间下跨段的投资，对下一代的长时间投资，或者本人的终生投资。投资必须有相对足够的剩余资本，而这，只有当物质盈余和时间盈余时候才能做到。市场规模决定了分工程度，本质上说，只有城市高密度的人口，才能支付得起教育需要耗费大量资源而又具备规模效应的投资成本。
关于欧洲封建社会，城市的兴起，可以参见下节《城市和资本主义的兴起》。伴随城市而来的，是王权力量的增强。正是王权和神权的相互抗衡，才使此后很多微妙的变化得以产生。《红与黑》，服务于恺撒，还是服务于上帝？成为有志的底层青年面对的选择，而这种选择，决定了其接受的教育，这个问题，在今日有志于自己知识兴趣的青年，是选择通过漫长而无稽的各种考试，还是游离于现行体制之外，一样艰难而现实。
到十一世纪时，教会关于上帝的理论已经发展得相当精致而复杂，而相对，得到王权支持的世俗学校刚刚复兴，但却具备更宽泛的可以学习的主题和科目。在城市兴起的背后，是商业力量的推动，以及将推理和理智应用于世俗商业的不自觉努力。而随着物质的积累和社会的分化，大学随之兴起。
大学，在本质上，只不过是一种类似教育联合会的行会。13世纪的大学，看起来只不过是先前学校的扩展，但重要的一点是，这时的大学，并不是指某处建筑，某个章程。大学并没有地产，而是一个由一群随时可以移动的人所构成。同时，这群教育者，由于各处教会，国王的支持，获得了大量的便利从而发展迅速。
与希腊各个学派的学院思想各异不同的是，与城市的相对独立对应的是，13世纪欧洲的大学，教科书、问题、课程都非常相似，这既可能是由于此前知识的高度缺乏，而面对通过翻译阿拉伯文化的进入的希腊文化的结果。也是高度流动的教师带来的结果。大量兴趣相近者的聚集，一方面带来古代资源的收集，减少损失，另一方面则是从阿拉伯重新翻译，输入希腊和拉丁传统文献。在13世纪以前，主要的努力是减少损失，而13世纪以后，面临的主要问题，则是如何重新吸收资料输入的问题。正是这部分资料的重新输入，才引起和已有教会传统资源的重新整合问题，或者说，如何解决理性和信仰的张力问题。这一问题，体现于阿奎那的《神学大全》，而暗示着日后的文艺复兴。而同时，这种高度流动而体系相似化的教育体系，使得一旦引入新资料，出现挑战现在传统的新思想，其迅速传播的危害性也便更大。而这，正是科学必须回到哲学范畴上，才能挑战神学的理由，否则，科学可能会成为神学的婢女，而不会是神学的敌人。